Zasadność drzewa wystawiła na dziejową próbę przede wszystkim rozpoczęta w okresie renesansu rewolucja społeczna w Europie, odkrycia geograficzne i podboje kolonialne w połowie ubiegłego tysiąclecia czy odkrycia nowoczesnych nauk i rewolucja przemysłowa. Nauka sprowadziła istnienie do poziomu pojedynczych cząstek elementarnych – wiemy, że świat wokół nas i my sami składamy się z cząstek, atomów, elektronów. Niedawno temu, biorąc pod uwagę ciągłość myślenia w duchu drzewa, potwierdziła się w powszechnym odbiorze teoria Kopernika, kiedy zobaczyliśmy na własne oczy naszą planetę spoza niej, z kosmicznego dystansu. Potwierdziły się w ten sposób obawy i nadzieje wszystkich tych, którzy sądzili, że Ziemia jest wyjątkowym miejscem – jedynym w swoim rodzaju elementem kosmosu. Zamiast tego okazała się jednym z wielu punktów na świetlnej mapie niebios, fragmentem nieogarniętej galaktycznej przestrzeni wszechświata. Wreszcie na naszą tożsamość i gatunkową ewolucję spojrzeliśmy przez pryzmat wizualizacji kodu DNA, który okazał się skomplikowanym układem kilku samodzielnych elementów. Do tego atomistycznego, zdekomponowanego pojmowania stanu rzeczy przyczyniły się także takie osiągnięcia, jak psychoanaliza, mechanika kwantowa i doświadczenia z energią jądrową, mikroskop, dokonania biologii i chemii z tablicą Mendelejewa i teorią ewolucji jako ich ikonami, kartezjański dualizm świata, teoria względności.